Những con ngựa Breton ban đầu được nuôi với mục đích tận dụng sức mạnh và độ bền. Ngựa đã có mặt ở vùng núi Breton hàng ngàn năm nay, nhưng không ai biết làm thế nào chúng đầu tiên đến. Một giả thuyết cho rằng chúng đã được đưa đến châu Âu trong quá trình di chuyển của người Aryan từ châu Á hơn 4.000 năm trước đây, trong khi một trường phái tư tưởng có họ giảm dần từ ngựa nuôi bởi chiến binh Celtic trước khi cuộc chinh phục của Vương quốc Anh.

Các tổ tiên ban đầu của Breton là một dân số của con ngựa mà đã sống ở vùng núi Breton, có thể là hậu duệ của những con ngựa thảo nguyên hay cưỡi bởi những người Celt. Trong cuộc Thập tự chinh, những con ngựa núi được lai với ngựa phương Đông để tạo ra một loại gọi là Bidet Breton. Trong thời Trung cổ, các con ngựa Breton mà tổ tiên đã được tìm kiếm bởi các nhà lãnh đạo quân sự, một phần vì dáng đi thoải mái của nó. Do dáng của nó và thực tế là nó chỉ đứng khoảng 1,40 m nó được mệnh danh là Bidet d'Allure hay Bidet Breton.

Ngựa của dòng máu khác đem về châu Âu trong cuộc Thập Tự Chinh đã có một ảnh hưởng mạnh mẽ trên Breton, và hai loại sau đó phát triển. Các Sommier là thường gặp, loại nặng, được sử dụng chủ yếu như một con ngựa thồ và cho công việc trang trại và kéo xe. Từ Sommier, các dòng Roussin đã được phát triển, được sử dụng chủ yếu trong các cuộc chiến tranh và những chuyến đi dài. Dáng đi tự nhiên của Roussin đã làm cho nó phổ biến như là một con ngựa cưỡi nhẹ hơn.

Từ thời Trung cổ cho đến những năm 1900, các con ngựa Breton được lai với con ngựa khác nhau, cả hai bản địa và nước ngoài, bao gồm cả các ngựa Boulonnais, ngựa Percheron và ngựa Ardennes. Trong thế kỷ 19 nó được lai với các con ngựa nước kiệu Norfolk Trotter, mà kết quả trong một loại trọng lượng nhẹ hơn của Breton, là phụ nhánh của dòng Postier. Ngày nay, giống Breton được quy định bởi các Syndicat des Éleveurs de Cheval Breton một tổ chức với sách chỉ nuôi ngựa của mình đến năm 1909 khi nó được tạo ra.

Năm 1912, những cuốn sách về các giống ngựa (sách chỉ ngựa) được kết hợp nhưng các phần riêng biệt được sử dụng cho từng loại. Mặc dù hạn chế đăng ký, sinh sản của con ngựa Breton đã lan rộng trên toàn nước Pháp, và trên thế giới. Hôm nay ở Pháp, ngựa Breton được nuôi chủ yếu ở các trang trại ngựa ở Lamballe, Hennebont, và các bộ phận của La Roche-sur-Yon.